sábado, 29 de septiembre de 2007

Excelente Recomendación

Aunque el blog sea de ecólogos, vale la pena inmiscuírse en ramas afines...
excelente revisión anatómica de uno de los animales más apasionantes y crípticos pero menos estudiados.
Podría servir como modelo para las presentaciones del próximo congreso de estudiantes...

jueves, 27 de septiembre de 2007

Oportunidades para realizar tesis

EL Dr. Pablo Munguía envía una coordial invitación para alumnos interesados en llevar tesis de licenciatur y maestria. Pablo Munguía se formó como biólogo en la Universidad de Guadalajara y posteriormente realizó sus estudios de Doctorado en la Universidad de Florida en Tallahasee donde recibió el grado de doctor recientemente. Actualmente se encuentra realizando una estancia posdoctoral sobre ecología de bentos en el instituto Smithsoniano en Maryland y, muy pronto, se integrará como Investigador a la UNAM en la Unidad Multidisciplinaria de Docencia e Investigación de la UNAM en Sisal, Yucatán. Cabe mencionar que aunque su carrera como investigador se puede considerar corta, ha publicado más de 10 articulos en revistas indexadas sobre varios temas de ecología y ha trabajado con diferentes organismos . Hace poco más de un año nos visitó en el Instituto de Ecología y ofreció un seminario muy interesante.

A continuación incluyo información relevante sobre su "franja de investigación" (porque no es línea como se darán cuenta).
Para más información comuniquense con él directamente.
Gracias

LINEAS DE INVESTIGACIÓN Y AREAS POTENCIALES DE ESTUDIO PARA TESIS DE LICENCIATURA Y MAESTRIA EN LA

Unidad Multidisciplinaria de Docencia e Investigación de la UNAM en Sisal, Yucatán.

NIVEL ECOSISTEMAS

→ Modelación de efectos antropogénicos en sistemas costeros.
→ Relación entre factores abióticos y bióticos dentro de ecosistemas costeros

NIVEL COMUNIDADES
Al nivel de comunidades trabajo con sistemas bentónicos en donde puedo realizar experimentos que exploran la importancia de diferentes mecanismos.

→ Importancia de dispersión y heterogeneidad en comunidades marinas
→ Teoría de comunidades espacialmente estructuradas
→ Relación entre historias de vida y la estructura de comunidades
→ Ecología experimental de comunidades marinas
→ Dinámica y estructura de comunidades costera

NIVEL POBLACIONES Y ESPECIES
En estudios de poblaciones y comportamiento, yo trabajo con crustáceos marinos principalmente, sin embargo estoy abierto a otros sistemas (en el pasado he trabajado con plantas, aves y comunidades de hongos).

→ Selección sexual en crustáceos
→ Comportamiento ecológico de anfípodos
→ Fisiología y cambio de color en cangrejos violinistas
→ Arquitectura de nidos en cangrejos violinistas
→ Estrategias de dispersión en invertebrados marinos


MAYORES INFORMES
Dr. Pablo Munguia
munguiap@si.edu



ALGUNAS PUBLICACIONES REPRESENTATIVAS

2007 Oecologia 153:533-541. Ecología de poblaciones
2007 Marine Biology 152:149-156. Ecología de comunidades
2006 Ecography 29:57-65. Biogeografía
2005 The American Naturalist 165:439-448. Ecología teórica
2004 Trends in Ecology and Evolution 19: 379-384. Ecología experimental
2004 Journal of Animal Ecology 73:64-74. Ecología de comunidades
2003 Oikos 103:618-626. Ecología teórica

viernes, 21 de septiembre de 2007

viernes, 14 de septiembre de 2007

Conferencia: Premio Nobel de Quimica

Prof. Robert Huber
Premio Nobel de Química󈨜
Profesor Emerito
Instituto Max-Planck de Bioquímica
Alemania

"Molecular Machines for proteindegradation"
(Proteosome Research)

Septiembre 18, 2007 11:00 AM
Auditorio: Dr. Alberto Guevara Rojas

Facultad de Medicina, UNAM
Veronica Martìnez Estrella
Secretaria Tecnica
Doctorado en Ciencias Biomedicas
email: verom@ervidor.unam.mx
pagina electronica: www.pdcb.unam.mx
Tels y fax: 5623 0171 y 5623 0170

otra sugerencia

Después de vario tiempo discutiendo esta opción de compartir información (de todo tipo) entre los estudiantes del Instituto, por fin se materializó la idea. Bien por eso.
Ahora, va una sugerencia retomando lo que comentaba Q. Para que la comunidad de estudiantes del Instituto se entere de esta iniciativa pienso que no es suficiente mandar un correo a Patty del posgrado y que ella lo "forwardee". Esto porque hay gente de licenciatura y otros que todavía no entran al posgrado que no se enterarían, además de la apatía de los mismos estudiantes de posgrado a participar. Entonces, por qué no poner un anuncio en la entrada del instituto con el URL del blog invitando a la comunidad a echarle un vistazo. Para esto se tendría que poner el "manifiesto" fijo en el blog (por ejemplo, debajo del "heading"); para que sea lo primero que vea la gente que entre y se entere bien de qué se trata. ¿Qué les parece?
Vale, pues esa es la propuesta.

P.D. No sé si los "administradores" tengan ya algo escrito o pensado pa'l manifiesto, sino pues podríamos hacerlo, incorporarlo y promoverlo.


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Now playing: Handsome Boy Modeling School Feat. Del Tha Funkee Homosapien - Magnetizing (Featuring Del Tha Funkee Homosapien)
via FoxyTunes

jueves, 13 de septiembre de 2007

4to Simposio Estudiantil del Instituto de Ecología

Hola a todos,

Se les informa de nuevo sobre el simposio estudiantil que se llevará cabo del Instituto de Ecología para que participen. Considero que es una buena experiencia participar y exponer nuestros resultados en publico. Además de ser una evento que nos da experientica con la presentación en público nuestros resultados, es importante para establecer relaciones entre los estudiantes conociendo los proyectos individuales de cada uno y, en lo posible, establecer relaciones de cooperación entre estudiantes.

Para mas información consulten la pagina del Instituto en el apartado de posgrado o vayan a esta dirección cortando y copiando dentro del buscador de su elección.

http://www.ecologia.unam.mx/simposioestudiantil/

No menospreciemos nuestros eventos internos y participemos. Recuerden que los ganadores tendrán que hacer una fiesta para celebrarlos!!

Rafael Bello
Lab. Genética Ecológica

lunes, 3 de septiembre de 2007

OpenAccess o... tu trabajo no es tan tuyo como dices

El chiste de tener un blog (a diferencia de tener un myspace donde pongamos nuestras fotos, poemas y circulito de amigos) es generar comunicacion, discusion y propuestas sobre un tema determinado... dada la heterogeneidad del insti pues es obvio que tal intentona puede resultar feito... aqui pongo un poco sobre open-access a manera de ejercicio para acostumbrarnos al arte oculto de la critica (alias "aguanten vara")...

Un articulo cientifico es el reporte final de un trabajo de investigacion cientifica. Es decir, al investigador le paga su empleador (el mecenas) por hacer un trabajo y el articulo es el reporte de dicho trabajo que se pone a disponibilidad del resto de la comunidad cientifica. Es decir, la produccion de un articulo cientifico no es de manera innata el objetivo de produccion de un trabajo cientifico porque no representa un producto que genere una ganancia comercial (al menos en teoria). De manera que la publicacion del articulo favorece no solo al cientifico sino al desarrollo general del area en que de genero el conocimiento. Lo que es mas, en instituciones publicas como la nuestra, el gobierno (y por ende el pueblo) paga por el trabajo de investigacion que realizamos, y es a ellos a quien deberiamos informar los resultados de su inversion... entonces, ?como es que terminamos publicando en revistas a las que la institucion no tiene acceso? (por ejemplo, la UNAM perdio su licencia institucional a Science)

El Acceso Abierto (Open Access) propone que el material academico debe encontrarse disponible de manera gratuita inmediatamente despues de su publicacionm de manera que:

1) El conocimiento generado mediante financiamiento publico, debe estar disponible al publico

2) El gremio de investigadores se beneficia directamente de la liberacion gratuita, inmediata e irrestricta del conocimiento generado por un trabajo de investigacion al acelerar el acceso, el reconocimiento y la diseminacion del resultado de investigacion.

3) El autor de una investigacion publicada libremente de manera gratuitam inmediata e irrestricta se beneficia al incrementar la posiblidad de ser citado (ver PLoSONE, que por cierto es OpenAccess), es decir, al incrementar el nivel de impacto de su investigacion.

4) Los editores cobran al gremio cientifico por leer lo generado por el mismo gremio, el beneficio economico sale del gremio cientifico.

5) Dado que el motivo del gremio editorial es economico, las restricciones en cuanto a longitud de contenido e inclusion de imagenes y tablas depaupera la calidad del trabajo de investigacion.

6) Las restricciones legaloides del gremio editorial han llegado al grado en que una vez que un investigador ha publicado su trabajo en una revista non-openaccess, la propiedad del contenido del trabajo pasa a manos del editor. Esto es valido en cuanto al texto, tablas y figuras. Science ha demandado a investigadores por utilizar las imagenes de sus propias publicaciones.

Existen dos maneras de apoyar el open access:

1. Publicar exclusivamente en revistas OpenAccess que garanticen la liberacion inmediata, irrestricta y gratuita del articulo una vez aceptado, como las BMC-loquesea, PLoS-loquesea y PNAS... que por cierto tienen un impacto de 14 y 16 respectivamente...

2. Guardar una copia personal de todo articulo que publiques y lo pongas a disponibilidad en tu sitio web.

El chiste es que el blog sea un espacio para discutir y generar propuestas, asi que aqui estuvo mi tema sobre la mesa y aca mi primera propuesta: generar un archivo de publicaciones de estudiantes... es decir, subir a una seccion de la pagina del instituto todas las publicacione generadas por lo estudiantes del instituto. simple is beauty.

En posts futuros hablare sobre el open-content y el ataque al openaccess por PRISM. Digo, si se arma la discusion, si no que chiste...

--- Germanicus

Idea Wild financiamiento

Idea Wild es otra organización que da apoyos para la adquisición de equipo para proyectos en paises en desarrollo de todo el mundo, en este caso si conozco gente mexicana que haya recibido el apoyo, incluyendo a estudiantes del Instituto de Ecologia, entre ellos Rafa (el del blog) y Alfonso Torres (fue estudiante de Alfonso Valiente), pueden checar sus proyectos en la pagina del idea wild http://www.ideawild.org/Apply.html, para que se den una idea. La convocatoria esta abierta todo el año, debes llenar una solicitud, enviarles el protocolo del proyecto en el que se utilizara dicho equipo, y garantizar que dicho equipo seguira siendo utilizado en futuros proyectos en tu institución o laboratorio.

Sigma Xi financiamiento.

La convocatoria de sigma Xi cierra el 15 de octubre de forma que todavía hay chance para conseguir lana. Yo no se de alguien en México que la haya ganado, pero $ 1000 dlls no le caen mal a nadie , hay que calarle. Para saber más de esta asociación el link es:

http://www.sigmaxi.org/programs/giar/index.shtml

Espero que le sirva a más de uno.

Si alguien sabe de más de estas convocatorias de financiamiento, paselas.

Rafael
Lab. Genética Ecológica

Formato informe conacyt

Hola a todos,

Los informes conacyt y DGEP son sencillos de hacer, inclusive para los que nunca hemos hecho uno. Sin embargo, hacerlo la primera vez es engorroso porque no tenemos idea de que se necesita. A continuación pongo un ejemplo de un informe, que espero que les sirvan como guía para hacer el suyo y no perder demasiado tiempo haciendolo. Este informe es largo porque reporto los avances hasta mi septimo semestre (por conveniencia lo recorte un poco). Este formato puede ser útil tanto para conacyt como para DGEP.


Un saludo,

Rafa


INFORME

DIRECCIÓN GENERAL DE ESTUDIOS DE POSGRADO
INFORME SEMESTRAL

SEMESTRE 2007-1
RAFAEL BELLO BEDOY
NOMBRE DEL PROYECTO
CONSECUENCIAS DE LA ENDOGAMIA EN EL SISTEMA REPRODUCTIVO DE DATURA STRAMONIUM : UN ESTUDIO COMPARATIVO ENTRE POBLACIONES EXPERIMENTALES Y NATURALES.



SEMESTRE 2007-1
RAFAEL BELLO BEDOY
NOMBRE DEL PROYECTO
CONSECUENCIAS DE LA ENDOGAMIA EN EL SISTEMA REPRODUCTIVO DE DATURA STRAMONIUM : UN ESTUDIO COMPARATIVO ENTRE POBLACIONES EXPERIMENTALES Y NATURALES.

SEMESTRE DE AVANCE SEXTO
PERÍODO DE JULIO A DICIEMBRE DE 2006






1. ACTIVIDADES ACADEMICAS
ARTICULO DE REVISIÓN: Evolución del sistema de apareamiento de las plantas en ambientes heterogéneos Responsable: Dr. Carlos Cordero Mácedo.

Se llevó a cabo una revisión de la literatura donde se puso a prueba la hipótesis del la influencia de los ambientes estresantes sobre la expresión de la depresión por endogamia. El articulo se está preparando e incluyendo datos nuevos para su publicación . Además es importante resaltar que será la primera parte del manuscrito de tesis de doctorado.

2. APOYO EN ACTIVIDADES DE INVESTIGACIÓN

Participé en la planeación, diseño y montaje del experimento de tesis del alumno de Licenciatura por la UAM- Xochimilco Alejandro Cisneros en el Instituto de Ecología, UNAM. Se planeó un diseño para poner a prueba la hipótesis del efecto de la endogamia en la resistencia a su herbivoro especialista Lema Trilineata (Crisomelidae) y sobre la calidad de la planta en Datura stramonium. Se llevó a cabo un experimento en invernadero donde plantas de D. stramonium con diferente nivel de endogamia se expusieron al daño por herbívoros. Durante el experimento participé en la siembra y mantenimiento del experimento. Además participé en el la medición del la altura y área foliar.

3. PARTICIPACIÓN EN REUNIONES CIENTÍFICAS

Participé en el simposio de evolución e las interacciones bióticas con la ponencia oral titulada “El papel de los enemigos naturales en la evolución del sistema de apareamiento en plantas” en el marco del primer congreso de ecología de la Sociedad Científica Mexicana de Ecología.




4. ACTIVIDADES DE INVESTIGACIÓN
MANUSCRITO EN PREPARACIÓN:
para ser enviado a 2007.(Incluyo titulo y abstract).
Inbreeding depression on resistance to herbivores and life-history traits in Datura stramonium
R. Bello-Bedoy and J. Núñez-Farfán
Abstract.
Inbreeding depression (ID) is considered the main force driving the evolution of plant mating systems. ID is the reduction of fitness or a change in the adaptive value of a phenotypic character of individuals derived from selfing in relation to those derived from outcrossing. ID has been detected in many plants traits and, recently, it has been documented that ID can be affected by the plants' natural enemies (e.g., pathogens, herbivores). If inbred individuals show lower resistance to herbivores (and/or pathogens) than outcrossed progenies then herbivores can increase the magnitude of ID, affecting the evolution of the mating system. We examined the effects of inbreeding on resistance to herbivores and fitness/related traits in one population of the annual, self-compatible, plant Datura stramonium. Plants derived from the population of Teotihuacan were subject to self- and cross-pollination in the greenhouse to obtain seventeen families. The progenies derived from both pollination treatments were grown in its natural site and exposed to herbivores. Inbreeding depression was estimated for survivorship, resistance to herbivores, fruit production, seeds per fruit and total seed production per plant. Significant differences between crossed and selfed progenies were found for all measured traits. The fraction of survivors was 0.71 and 0.62 for outcrossers and selfers, respectively. Selfed-progenies received 5% more damage than oucrossed plants. Finally, inbreeding depression for reproductive characters is 0.27 for fruit number, 0.40 and 0.18 for total seed number and seeds per fruit, respectively. Phenotypic selection analysis using linear regression of fitness as a function of resistance to herbivores detected a significant positive relationship for selfed progenies. The detection of a significant ID on resistance to herbivores suggests that herbivores can influence the evolution of plant mating systems by selecting against selfed individuals.

A) EVALUACIÓN DE LA ENDOGAMIA EN LA TOLERANCIA AL DAÑO FOLIAR EN DOS POBLACIONES DE Datura stramonium.
En invernadero se expusieron progenies de 15 familias por tratamiento de cruza de cada una de las poblaciones. En macetas de 7 pulgadas ,se mantuvieron 10 plantas de autopolinización y diez de entrecruzamiento (e.g 10 y 10 con coeficiente de endogamia f = 0.5 y 0.0, respectivamente). Para un total de n = 600 plantas. Para evaluar el efecto del daño en la expresión de la depresión por endogamia se le aplicó un tratamiento de daño cuando las plantas alcanzaron la edad reproductiva. A 5 plantas por cada una de las familias y por tratamiento de cruza se les cortó el 50% de cada una de las hojas (e. g. 50% de daño foliar). Para determinar el efecto de la endogamia en los mecanismos asociados a la tolerancia al daño foliar en D. stramonium (e.g. tasa de crecimiento y área foliar) durante el desarrollo se midió el crecimiento al establecimiento, antes de la reproducción y en la madurez para calcular la tasa de crecimiento (tasa de crecimiento = (t2-t1/ n días)). De igual forma se contó el número de hojas en las tres etapas.

Por otro lado, se midieron caacteres florales para determinar e efecto del daño y de la endogamia sobre el tamaño de la flor, y la hercogamia, caracteres asociados al sistema de apareamiento. De cada una de las plantas se midieron al de dos a cinco flores y se calculó el promedio para cada una de las plantas. Por medio de análisis de varianza se detectaron los efectos del daño y de la endogamia.

Al final del experimento se contaron y se colectaron los frutos de todas las plantas para contar las semillas producidas. Esto hace posible estimar la tolerancia al daño. La tolerancia se estima con la diferencia en adecuación (e. g numero de semillas) entre las plantas con daño y sin daño para cada una de las familias (hermanos completos) y, de esta forma se compara la tolerancia al daño foliar entre familias.

En general los resultados muestran un efecto negativo del daño sobre los caracteres asociados a la tolerancia y los caracteres florales en ambas poblaciones. Sin embargo, existen diferencias de magnitud en el efecto del daño entre poblaciones lo que sugiere que es posible que la tolerancia al daño sea distinta entre las poblaciones. El daño foliar causó una reducción en la tasa de crecimiento y el los caracteres florales. En el contexto de evolución del sistema de apareamiento, esto sugiere que el daño foliar causado por insectos herbívoros puede modificar el sistema de apareamiento en D. stramonium.

La estimación de la tolerancia aún no es posible debido a que se están contando las semillas para obtener los datos de la adecuación. Se planea finalizar el conteo en septiembre para analizar los datos y presentarlos en la reunión científica de la Sociedad Mexicana de Ecología que se llevara a cabo del 26 al 29 de Noviembre de 2006 en Morelia Michoacán.

B) EFECTOS AMBIENTALES SOBRE LA EXPRESIÓN DE LA DEPRESIÓN ENDOGÁMICA EN D. STRAMONIUM.

Se expusieron progenies de entrecruzamiento y autopolinización y con coeficiente de endogamia (f = 0.0 y f = 0.5, respectivamente) en condiciones naturales y a 12 plantas se les aplicará herbicida y doce plantas se mantendrán en estado natural como control. De cada una de las plantas se colectaron los frutos y se contarán las semillas para determinar los efectos de los herbívoros en la expresión de la depresión por endogamia y sobre los caracteres relacionados con la resistencia a los herbívoros y del sistema de apareamiento.

En un diseño de jardín común se asignaron doce plantas por cada coeficiente de endogamia para recibir un tratamiento de nutrientes, mientras que como control se usarán las 12 plantas del experimento descrito anteriormente, donde no llevan insecticida. De esta forma, evitaremos replicar el control. En consecuencia, el número total de plantas será de n= 1440.

Este experimento nos permitirá detectar la influencia del daño por herbívoros y de la limitación de nutrientes en la depresión por endogamia. Se conoce que estos son dos factores de estrés que experimentan comúnmente las plantas en la naturaleza.

Durante el experimento se medió la altura en diferentes fases del crecimiento para obtener la tasa de crecimiento y se contaron las hojas. Al final del experimento, se colectará una muestra de 20 hojas de cada una de las plantas para estimar la resistencia (R) como R = 1- daño relativo. Al mismo tiempo se colectaron todos los frutos por planta en bolsas individuales manteniendo la identidad de cada planta para el conteo de las semillas y los frutos considerados como componentes del adecuación de las plantas.

Para el análisis de los datos se llevarán acabo pruebas estadísticas independientes para cada experimento. El primero nos permitirá estimar el efecto de los herbívoros en la expresión de la depresión endogámica; el segundo experimento nos permitirá determinar el efecto de los nutrientes en la depresión endogámica.

Nombre del alumno y visto bueno del tutor y ya